Ну, если человек летит дальше с пересадкой, это учитывается. Снимают тех, кто меньше пострадает.
Данная ситуация может сложиться, если появилась непредвиденная дополнительная загрузка, превышающая максимальную. В данном случае, видимо, необходимость забрать экипаж. Сокращают вес всегда за счет пассажиров. Ничего не поделаешь. Остальной груз неделим и его надо вести. А снятых пассажиров обязательно отправляют следующим ближайшим рейсом в первую очередь.
Нехватка мест в салонах играет не главную роль. Если загрузка позволяет, берут даже пассажиров, которым по-какой-то причине не зватило места. Устраивают на приставные места или куда возможно. И наоборот. При наличиии свободных мест могут отказать, если не позволяет вес.