ИМХО, вам нужно было оформить CRS на incomplete maintenance, с указанием в нем всех тасков, которые не были выполнены, и с указанием deadline (FH, FC, date) по ним. Если есть запас по DL для совершения перелета, то разового разрешения властей регистрации ВС не требуется.
Субподрядчик, после выполнения оставшихся работ, выписывает final CRS на 20+40+60МО, с указанием в ремарках номера вашего CRS на incomplete maintenance и прикрепляет его копию. Отсчет до next due, думаю, следует вести по первому CRS.
А вообще, все эти особые случаи оформления CRS должны быть прописаны в МОЕ.