Як-38М эксплуатировались в 3 АЭ 279 окшап, начиная с бортового номера 78 по 99, окраска стандартная сине-зеленая для самолетов 78, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, для самолетов 79, 80 окраска экспериментальная светло серая-темно серая, антенна радио на киле серого цвета, самолеты 88 по 99 окрашены также кроме антенны радио-белый цвет, окраска штанги ПВД белый цвет с концентрическими окружностями красного цвета, номера у всех желтого цвета, некоторые самолеты были с номерами синего цвета, но красили самодеятельно в части.
На Як-38М не было ЛП, не было помпажей и самовыключений ПД РД-38, исключение с-т 80 летчик при ВП коснулся носовой частью ВППл, незначительные повреждения ПВД и обтекателя РЭБ.