На мой взгляд (чисто со стороны) у государственных чиновников "руливших" АФЛ (на уровне стратегии) цели были примерно: "чтобы АФЛ стала одной из лучших авиакомпаний (желательно не только в России), типа "лицом государства", чтобы не стыдно было". Причем как на уровне "пролетел на самолете АФЛ, рассхвалил друзьям", так и на уровне макроэкономических показателей (чтобы большим людям перед партнерами не стыдно было). И эту задачу (опять же, на мой, личный, взгляд) Аэрофлот неплохо выполнял. А подъем авиастроения этой стратегиии мог изрядно навредить. Подъем авиастроения нужно было поручать другим АК, хоть аффилированным с государством (хоть дочку АФЛ под это создать, если очень хочется), хоть на коммерческих принципах (льготы/субсидии). Эта/эти АК не рисковали бы имиджем и не было бы никакого конфликта между двумя интересами государства - поднимать авиапром и иметь флагманскую авиакомпанию всю такую красивую...
Все исключительно мое ИМХО