16 июля 1988 года был выполнен первый коррекционный манёвр. До
18 августа управление «Фобосом-1», как и «
Фобосом-2», велось с
ОКИК-16, а после этого управление аппаратами взял на себя
Центр управления полётом ЦНИИМаш.
28 августа по вине оператора ЦУП на борт прошла ошибочная команда, произошёл сбой в программе, из-за чего вместо команды на включение гамма-спектрометра была выдана команда на выключение пневмосистемы двигателей ориентации и стабилизации аппарата. Станция с отключёнными важнейшими системами ориентации перестала ориентировать
солнечные батареи на Солнце, вследствие этого через некоторое время аккумуляторы полностью истощились. Аппарат не стабилизировался и хаотично вращался. Ошибка была обнаружена только
1 сентября 1988 при попытке провести запланированный сеанс с «Фобосом-1». Запаса электроэнергии для реагирования на корректировочные сигналы уже не было, аппарат на связь так и не вышел. Попытки установить с ним контакт, продолжались в течение сентября-октября, но успеха не принесли.
3 ноября 1988 было официально объявлено о прекращении попыток связаться с АМС
[1].