Там было две проблемы.
Во-первых, двигатель "дул" на стабилизатор. Принято считать, что обдув - это хорошо. Но это когда именно обдув, а не струя ТРД, имеющая на выходе скорость порядка 450 м/с. Она просто срывала тот "управляющий" поток, который шёл с РВ. По делу стабилизатор нужно было переносить наверх - если не в Т-схему, то хотя бы как на, скажем, МиГ-15. Ну, и площадь стабилизатора при этом хорошо было бы увеличить..
Но тогда тяжелел хвост, а с запасом по центровке там было и без этого не "Ах!".
Во-вторых, если у Ту-16 фюзеляж был "дубовый", то на Ту-104 он недобирал жёсткости и "играл". Со всеми вытекающими отсюда последствиями для управляемости.
А поскольку речь шла о части фюзеляжа от ц/п до оперения, то понятно, что бы было.с центровкой при усилении этой зоны.
Поэтому какие-то "косметические" изменения произвели, но реально ограничилось, как я уже говорил, снижением макс. высоты и ужесточением требований по центровке. Ну, и лётному составу, конечно, хвосты накрутили.
Но это был паллиатив, и рано или поздно обстоятельства сложились бы так, что машина снова бы сорвалась.