Оплатил-то он все участки
Чтобы привлечь пассажиров, авиакомпании часто предлагают тарифы на рейсы со стыковками ниже, чем на прямой перелёт по тому же маршруту.
Из недавних известных мне примеров "Аэрофлот" из Москвы в Алматы. Уверен, что сейчас можно найти аналогичные ситуации.
Если бы можно было отменять любые сегменты, то пассажир сможет купить билеты А-Б-В-Б-А по более низкому тарифу, чем Б-В-Б, и затем не пользоваться А-Б и Б-А. Чтобы исключить подобные хитрости, и делаются такие ограничения.
Какие вообще основания отказывать ему в "частичной" перевозке?
Федеральные авиационные правила и множество других требуют от пассажира предупреждать о частичном отказе от перевозки, в противном случае аннулируется весь билет.
Про условиям применения тарифов большинство дешёвых билетов в случае предупреждения подлежат переоформлению на существенно более дорогие. То есть переоформление теряет экономический смысл.
И ещё раз: всё это касается самых дешёвых тарифов. Билеты по т.н. "полным" (они же "годовые, они же "нормальные") тарифам таких ограничений не имеют, но их стоимость в несколько раз выше.
А самые дешёвые тарифы часто ниже себестоимости перевозки. Авиакомпания предпочитает получить хоть сколько-то денег, вместо того, чтобы возить пустые кресла, но ограничивает пассажиров, чтобы в случае чего деньги не возвращать.